Čas od času se objeví názor, že Nadační fond nezávislé žurnalistiky má neprůhledné financování. Opírá se o skutečnost, že NFNZ nezveřejňuje své dárce. Proč tomu tak je?
Jeden z hlavních cílů NFNZ je rozvoj plurality názorů ve společnosti a obrana nezávislosti médií i svobody slova. Fond vznikl jako reakce na převzetí hlavních soukromých zpravodajských médií do rukou oligarchů, pro něž média nejsou hlavní činností. Zakladatelé se obávali toho, že může docházet k ovlivňování redakčního obsahu a oslabí se tak nezávislá a kvalitní žurnalistika v České republice.
NFNZ ctí nezávislost všech médií, tedy i těch, která od něj získala granty. Podporuje média s různými názory i zaměřením. Snaží se o tom, aby psala nezávisle na komukoliv – včetně podporovatelů – a necítila se k nim při tvorbě obsahu nijak zavázána.
Pro přijímání darů má NFNZ přísná pravidla (která jsou veřejně dostupná na webu). Neumožňují fondu například přijímat dary ze zdrojů českého státu, vč. státních orgánů a samosprávy nebo pokud výše daru neodpovídá reálným možnostem dárce. Jakýkoliv dar má správní rada možnost odmítnout či vrátit, což se v minulosti také stalo.
Provoz NFNZ je hrazen z příspěvků jeho zakladatelů, tedy členů Kolegia, které nemá na chod fondu přímý vliv. Statutárním orgánem NFNZ je Správní rada (jejíž členy Kolegium volí a odvolává).
Podpora nezávislosti médií a vytváření obsahu na jedné straně a existence transparentních pravidel pro přijímání darů i fungování fondu na straně druhé byly důvody, proč NFNZ své dárce nezveřejňuje.